部队经济适用房在特定条件下是可以办理房产证的。它与地方经济适用房在性质上基本相同，只不过部队经济适用房涉及土地的管理权属于总部房管局，而地方国有土地管理权是地方房地产管理局。因此，部队经济适用房同样具有产权。

军队经济适用住房建设是国家经济适用住房建设的重要组成部分，享受国家和当地经济适用住房建设的有关优惠政策。根据相关法律法规，经济适用住房购房人拥有有限产权。购买经济适用住房不满5年，不得直接上市交易，满5年后上市转让，需按一定比例向政府交纳土地收益等相关价款。

然而，部队经济适用房房产证的办理流程相对繁琐，且受到军方房产政策及相关法律法规的严格限制。若所购的经济适用住宅建设手续齐全、并严格遵守相关法律规定，同时经军队房地产管理部门批准并进行了产权确认，那么便有望获得该类房屋的房产证。

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