1、行政级别不同

市代建局属于市政府直属事业单位。

建设局则是国务院组成部门，市建设局是市一级主管建设行业的行政部门。

2、职责范围不同

市代建局负责市内非经营性代建项目的组织和协调管理工作。

市建设局则要负责保障城镇低收入家庭住房、推进住房制度改革、规范住房和城乡建设管理秩序、监督管理建筑市场、研究拟订城市建设的政策、规划并指导实施，指导城市市政公用设施建设、安全和应急管理等工作。

开发商与建设局有业务往来。

3、内设机构不同

代建局主要包括办公室、计划财务科、项目建设管理科。

建设局主要包括办公厅、法规司、住房改革与发展司、住房保障司、城乡规划司、标准定额司、房地产市场监管司、建筑市场监管司、城市建设司、村镇建设司、工程质量安全监管司等部门。

市建设局主要职能是：

1、贯彻执行国家、省、市有关城乡建设的法律法规、规章和政策；起草并组织实施有关城乡建设的地方性法规、规章和政策；根据全市国民经济和社会发展总体规划，制定全市建设事业发展战略；组织、指导、协调城乡建设领域重大问题的研究和政策的拟订；编制城乡建设中长期计划和年度计划并组织实施。

2、负责全市系统普法教育、稽查执法并对系统的行政执法活动实施监督和管理。

3、拟订全市系统科技发展规划并组织实施，指导行业科技成果的技术评审、鉴定和推广工作，指导建设行业新技术、新材料、新工艺、新设备、新结构的科研与推广。

参考资料来源：百度百科--建设局

参考资料来源：百度百科--河源市政府代建项目管理局