土地增值税的计算公式为：应纳税额=增值额×适用税率-扣除项目金额×速算扣除系数。

土地增值税的计算方法与预征率不同，实行四级超率累进税率。具体计算如下：

当增值额超过扣除项目金额的50%，但未超过100%时，土地增值税税率为30%。

当增值额超过扣除项目金额的100%，但未超过200%时，税率为40%。

当增值额超过扣除项目金额的200%时，税率为60%。

根据土地增值税税率表，通过上述计算方法可以得出应纳税额。具体计算时，需先确定增值额与扣除项目金额，然后根据公式计算出应纳税额。