与梁龙、重龙同是梁龙科的成员，但迷惑龙与它们的关系较远，所以与春雷龙、原雷龙共同分类在迷惑龙亚科之下。到21世纪迷惑龙属有了四个有效种，埃阿斯迷惑龙（A. ajax）、秀丽迷惑龙（A. excelsus）、路氏迷惑龙（A. louisae）及小迷惑龙（A. parvus）。但是在雷龙被并入迷惑龙属后，质疑的声音就一直存在。2015年，由于雷龙重新成为梁龙科梁龙亚科下的独立属，雷龙属下包括有三个种：秀丽雷龙、小雷龙（B. parvus）及胸饰雷龙（B.yahnahpin），迷惑龙属下包括二个种：埃阿斯迷惑龙（A. ajax）和路氏迷惑龙（A. louisae）。

埃阿斯迷惑龙

（A. ajax）：模式种，由古生物学家奥塞内尔·查利斯·马什在1877年所命名，种名是以希腊神话中的英雄埃阿斯为名。它们为迷惑龙属的原型标本，已发现两个部份头颅骨，包含一个部份头颅骨。

路氏迷惑龙

（A. louisae）：是由William Holland在1915年所命名，种名是以安德鲁·卡内基（Andrew Carnegie）的妻子Louise Carnegie女士为名，安德鲁·卡内基在美国西部发现挖掘地点以供发现完整的恐龙化石。路氏迷惑龙的化石为一个部份头颅骨，发现于科罗拉多州。

其它种

另外，A. yahnahpin是在1994年由Filla、James以及Redman等人所命名。在1998年，罗伯特·巴克（Robert T. Bakker）将A. yahnahpin改列为原雷龙的模式种Eobrontosaurus yahnahpin。化石为一个部分骨骸，发现于怀俄明州。