海南黄花梨与越南黄花梨在纹理、颜色、心材、"鬼眼"、红丝、荧光、气味、硬度、毛孔和手感上存在明显区别。

海南黄花梨纹理细密，呈现斜纹或交错，如行云流水，蟹爪、牛毛纹状清晰，棕眼为实心黑点，大小美观；而越南黄花梨纹理略粗，纹路内部空洞，环状分布，渐至中心消失，较规律。

海南黄花梨颜色丰富，包括金黄、黄白、紫、褐、红、黑等，色彩变化多样；越南黄花梨以黄色为主，偏浅，常夹杂紫药水色，画面整体洁净，偶有霉斑。

海南黄花梨心材直径普遍较小，最大不超过30厘米；越南黄花梨树材粗大，心材直径可达40至60厘米。

"鬼眼"作为鉴定指标，只有海南黄花梨有明显特征，其为鬼脸中心的实心黑点。越南黄花梨虽也有"鬼脸"，但无"鬼眼"。

海南黄花梨在灯光下展现出红丝，而越南黄花梨则为黄白丝；海南黄花梨打磨后光洁度高，荧光闪烁明显，越南黄花梨荧光效果较弱。

新锯开的海南黄花梨心材散发浓郁的辛辣香味，越南黄花梨则有沉郁的酸香气味；老家具中，海南黄花梨辛辣气味微弱，越南黄花梨纹理和气味与海南黄花梨相似，一般难以辨别。

海南黄花梨硬度较高，用指甲划动一般不留痕迹；越南黄花梨硬度略低，新切面有明显划痕，根料除外。

海南黄花梨比越南黄花梨密度大，毛孔细密，油脂丰富，老料密度更高，纹理和牛毛纹细于越南黄花梨；越南黄花梨密度相对较小，毛孔较粗，较轻。

海南黄花梨手感细腻，表面有如打蜡或覆透明材料般的光滑，长时间使用后仍光洁莹亮；越南黄花梨摸感略涩，有颗粒或凹凸感，手感较轻，但根部木料可能比海南黄花梨东部料重。