房地产开发企业的土地增值税计算过程相对复杂，主要涉及以下几个步骤:

首先，从总收入中扣除必要的成本和费用。这些扣除项目包括土地购置成本、建筑成本（包括直接人工和材料成本）、建筑相关税金、开发过程中的直接费用，以及按照规定可以加计扣除的部分，如利息支出等。这些构成了计算的基础，即所谓的"扣除数"。

接着，计算项目的总收入，即开发完成后房地产的销售价格或市场评估价值。这一步骤是确定增值额的关键，增值额等于总收入减去扣除数。

然后，将增值额除以扣除数，得出增值率。增值率是衡量项目增值程度的重要指标，它反映了开发企业通过该项目所获得的纯利润部分。

最后，根据政府设定的税率，将增值率乘以相应的税率，计算出应缴纳的土地增值税额。整个计算过程需要精确且合规，如遇到具体问题，可以随时咨询专业人士。

总的来说，计算土地增值税涉及多个步骤和详细的会计核算，企业需要按照规定流程进行，并确保所有数据准确无误。