拆除秦岭别墅的原因主要有以下几个方面：

1. 秦岭南北麓的别墅肆意破坏山体，随意排放生活污水，严重破坏了生态环境，对西安市的水源造成了威胁。

2. 这些别墅大多数属于违建范围，是违章建筑，这违反了国家的相关规定。

综上所述，无论是从保护环境还是遵守国家法规的角度，拆除秦岭别墅都是必要的。