外形不同、大小不同、生活环境不同、习性不同。

1、外形不同：泥蚶的壳坚厚而宽，双壳膨凸，左壳略大于右壳，而花甲的壳呈圆形或近似圆形，壳面上有鲜艳的红色和蓝色斑纹。

2、大小不同：泥蚶的个头较大，而花甲的个头较小。

3、生活环境不同：泥蚶主要生活在浅海泥沙石上，适应较多种类的底质环境，而花甲生活在浅海泥沙石或泥底，也适应多种底质环境。

4、习性不同：泥蚶属于滤食性贝类，通过过滤水中的有机物和浮游生物获取食物，而花甲属于杂食性贝类，既食用浮游生物，也食用底栖生物和有机底质。