1. 服务对象差异：省直公积金主要服务于省属企事业单位及省级机关的职工；而市公积金则面向市区内的私营企业和一般社会团体等普通职工。

2. 适用范围区别：省直公积金在全省范围内有效，使用范围较广；市公积金仅限于本市范围内，适用范围相对狭窄。

3. 组合贷款还款方式不同：对于组合贷款购房者，若使用省直公积金贷款，可以选择先偿还商业贷款部分；而使用市公积金贷款则需按照既定比例同时偿还商业和公积金贷款。

4. 使用条件限制差异：例如，在贵州省，省直公积金和市公积金在首套房贷款条件上相同，但在二套房贷款上存在差异。省直公积金是根据房产来判断，第二次使用公积金贷款需首付50%；市公积金则是根据使用公积金的次数来判断，若首次住房未使用公积金，第二次使用时公积金贷款的首付比例为30%。

补充说明：住房公积金是各类企业和机关事业单位及其在职职工缴存的长期住房储金。近年来，政府对公积金政策进行了多次调整，以减轻职工负担和优化使用效率。例如，2014年取消了公积金贷款的相关收费项目，2016年调整了公积金账户存款利率等。