阜阳市住房公积金管理中心的内设机构分工明确，各司其职。办公室作为核心部门，主要协助中心领导处理日常运营，协调机关科室与各县市管理部的关系，负责政策法规的拟定和中心规章制度的制定。他们负责各项工作的监督执行，包括会议组织、内部行政管理、保密、档案、印章管理，以及人事编制、社会保障、工会活动、宣传教育和后勤服务。同时，办公室还负责计算机系统的管理和维护，与县市管理部保持联系。

归集科专责于住房公积金的基础工作，包括制定全市的归集计划，管理个人住房公积金的使用，处理职工公积金的支取申请，办理缴存登记，审核缴存基数、比例等，监督全市公积金缴交情况，催缴公积金，以及对违规行为进行查处，如不为职工开户、逾期缴存等。

信贷科负责个人住房公积金贷款的日常管理，包括贷款账户的维护，编制贷款使用计划，审核和发放贷款，处理贷款归还，以及催收逾期贷款。

计划财务科则承担着中心的财务管理重任，他们编制预算和决算，进行会计和统计工作，进行公积金的会计核算，编制财务报表，分析公积金的归集和使用情况，监控受托银行的业务执行，并负责内部审计工作。