哈尔滨市住房公积金管理中心设有多个内设机构，以确保公积金的有效管理和运作。

综合处负责中心政务、事务管理、文稿起草、公文审核、收发文件处理、宣传、信息编报、信访、政务公开、保密及档案管理工作。

筹资处制定公积金归集、提取使用、账户管理政策，并实施、指导、协调、监督和检查公积金业务。

法规稽查处宣传贯彻公积金相关法律、法规，负责政策调研、业务流程制定、执法组织、协调、检查、监督、行政处罚决定及投诉、举报处理。

信贷管理处调研、制定、实施贷款政策，指导、协调、监督贷款业务执行情况，审核、报批个人贷款签约项目，分析贷款风险和运营质量。

会计管理处建立和完善财务管理规章制度，执行会计核算和监督工作，管理住房公积金账户，结息，业务报表编制，分中心、办事处日常会计业务管理、指导和监督。

计算机处起草信息化工作规划、客户服务工作制度，确保公积金系统运行，数据备份，岗位权限管理，数据提供更新，公积金网站建设和计算机安全工作。

计划处编制中心发展规划，年度、季度归集、使用计划，运营综合分析，报告起草，与银行业务委托协议签订。

稽核处审计财务收支、经济活动、公积金归集、管理和使用，进行负责人离职审计，检查受委托银行、担保公司及其他单位的住房公积金业务。

资产保全处执行资产抵偿贷款管理规定，负责贷款清收、抵贷资产收取、管理、处置，法律诉讼工作。

人事教育处执行干部、人事、工资、职称等政策规定，组织年度考核、奖惩、竞聘上岗，专业技术职务管理。

机关党委宣传和执行党的路线方针政策，负责机关党务工作，思想政治教育，入党积极分子培养考察，直属各支部党务工作领导。

纪检监察室执行党风廉政建设责任制，受理、处理控告和申诉，检查违反法律、法规和行政纪律行为，进行行政监察工作，党性党风党纪教育宣传。

工会做好职工思想政治工作，加强法制和道德教育，协助行政事务，管理职工福利，开展文化、体育活动。

团委组织学习贯彻上级团组织及中心党组决议，制定、执行团工作计划，思想政治教育，青年团员主题活动，创优、推优工作，推荐年轻人才。

各办事处负责本区公积金归集、使用计划的编报，中心工作计划实施，执法检查，公积金缴存业务，账户管理，缓缴审批，对账工作，个人贷款签约，贷款管理及咨询工作。