设计单位如何收费主要取决于多个因素，包括项目造价、设计阶段、设计复杂度、设计师资历等。

一般来说，设计单位会根据项目的整体造价来按比例收费，这个比例通常在1.6%到4.5%之间，具体费率随造价的增高而降低。例如，如果一个项目的造价为1亿元，设计费可能会按照造价的2%来计算，即设计费为200万元。这种计费方式确保了设计费用与项目规模相匹配。

在设计阶段上，如果仅委托设计单位进行初步设计或施工图设计，费用会按照行业划分的设计工作量比例来计算，并通常会乘以一个系数以涵盖额外的工作或风险。如果增加编制施工图预算的任务，设计费也会相应增加，通常也是按照工程设计收费标准乘以一个系数来计算。这种分阶段计费的方式有助于明确每个阶段的设计任务和费用。

此外，设计单位的收费还会受到设计复杂度和设计师资历的影响。对于设计难度大、复杂度高的项目，设计单位需要投入更多的时间和精力，因此费用也会相应提高。同时，资深设计师的收费标准通常也会高于初级设计师，因为他们在经验和专业能力上更具优势。

在具体实施过程中，设计单位会与委托方签订设计合同，明确设计范围、设计深度、设计周期、设计费用及支付方式等条款。设计费通常会按照设计进度分期拨付，例如在设计合同生效后预付一定比例的设计费作为定金，初步设计完成后支付一定比例的进度款，施工图完成后支付剩余的款项。这种分期拨付的方式有助于确保设计工作的顺利进行，并保障设计单位的合法权益。

综上所述，设计单位的收费是一个综合考虑多方面因素的复杂过程，旨在确保设计费用与项目规模、设计阶段、设计复杂度和设计师资历等因素相匹配，同时保障设计单位和委托方的合法权益。