这两者区别从形态上、从用途上。

1、黑骨茶与小叶紫檀区别，从形态上看，黑骨茶的叶呈红色，枝干和根茎为黑色，生长缓慢，具有极高的观赏价值。小叶紫檀的树干挺直，树皮呈深褐色，具有裂纹，叶片为椭圆形或卵形，花为淡黄色或淡绿色，同样具有很高的观赏价值。

2、从用途上看，黑骨茶可以用作盆景或庭院观赏植物，还可以用来制作小型家具和工艺品。小叶紫檀因纹理细密、色泽深沉、质地坚硬的特点，被广泛用于高级家具和工艺品的制作。