小叶紫檀与黑骨茶在外观上存在多方面区别。小叶紫檀的树干较为通直，树皮颜色呈深褐色，会有不规则的纵向裂纹。其叶片为复叶，互生，叶片一般较小且薄，新叶多为嫩红色，之后会慢慢变为深绿色。而黑骨茶的树干多有弯曲，树皮颜色较黑，带有粗糙感。黑骨茶的叶片也是互生的复叶，但叶片相对更厚实，颜色较深绿，新叶为嫩黄色，后转绿。在木材颜色方面，小叶紫檀的心材新切面为橘红色，时间久了会变成深紫色甚至接近黑色；黑骨茶的木材颜色偏黑褐色。