依据《海南省农村房屋建筑设计规范》，农村自建房的最高建筑高度限定为三层，总高度不得超过12米。具体而言，一层的最大高度为4.5米，二层为3.6米，三层则限制在3.0米。这规定旨在确保房屋的安全性及合规性。

除了高度限制，农村自建房的建筑面积也有明确的上限，不得超过300平方米。这意味着在设计和建造三层别墅时，必须在高度和面积上严格遵守规定，以确保房屋的结构稳固及合法性。

建造三层别墅需细致规划，确保每一层的高度符合标准，同时控制总建筑面积不超过300平方米。这不仅有助于提升房屋的美观度，还能保证其安全性能。在实际操作中，设计者需充分考虑土地的利用效率和建筑的合理性，确保每一层的布局既实用又美观。

在海南农村建造三层别墅时，应严格遵循这些规范，以免因超出高度或建筑面积限制而引发不必要的纠纷或处罚。合理的规划和设计不仅能确保房屋的安全与合规，还能提升居住的舒适度和美观度。