工程税金应计入税金及附加科目进行核算。

详细解释如下：

工程税金是与工程项目相关的各种税费的总称。这些税费包括但不限于营业税、城市维护建设税、教育费附加等。这些税费作为企业的一项费用支出，需要进行正确的会计处理。

税金及附加科目是企业核算日常主要经营活动应负担的税费的一个科目，主要包括各种税金。工程税金作为企业因提供工程服务而产生的税费，应当通过此科目进行核算。

在具体的会计处理过程中，企业需要根据税费的种类和发生的时间，及时将工程税金记入税金及附加科目。这样，企业可以清晰地了解每一项税费的来源和去向，有利于企业进行财务管理和决策。同时，正确的会计处理也有助于企业遵守相关法规，避免因处理不当而引发的风险。

总之，工程税金应计入税金及附加科目进行核算，企业需根据具体情况及时、准确地进行会计处理。这不仅有助于企业了解自身的财务状况，也有助于企业遵守相关法规，降低风险。