九江市住房公积金管理中心（以下简称“市中心”），源于国务院《住房公积金管理条例》(国发[2002]350号)、《国务院关于进一步加强住房公积金管理的通知》（国发[2002]12号）以及市政府办公厅的文件规定（九府厅[2003]87号），于2003年5月26日正式成立，其性质为不以营利为目的的副处级事业单位。其主要职责在于对九江市行政区域内的住房公积金实施统一管理和运作。

市中心下设13个驻县（市、区）办事处，这些办事处在市中心的指导下，负责各自区域内的住房公积金管理，实行统一的管理制度和核算标准，以确保政策的执行一致性。

在组织架构上，市中心本部设有四个核心职能科室：综合科、稽核科、资金运营科和信息科，分别负责综合管理、公积金业务审计、资金运作和信息技术支持等关键工作。市中心本级的人员编制为15人，而13个办事处则有30人的编制，以满足日常运营和管理的需求。