赣州市住房公积金管理中心内部设有多个职能科室以确保高效运作。以下是中心的主要内设机构:

秘书科: 负责综合协调工作，包括文件管理、会议组织、人事档案及后勤保障等日常事务。同时，它还负责机关的行政管理工作。

计划财务科: 主要负责市本级公积金的预算编制和财务报表，进行财务核算，办理公积金支取和贷款事务，以及人员经费的财务管理。此外，它还对县（市）办事处的经费进行管理和核算。

归集科: 专门负责公积金的缴存、转移和提取工作，对市城区单位和个人公积金进行对账计息，以及公积金政策的制定和执行检查。

信贷科: 负责贷款调查、审核，贷款发放和回收的记录，以及公积金信贷政策的拟定和落实，同时对县（市）办事处的贷款规模进行审批。

督查与信息科: 进行公积金政策研究，起草相关文件，协调电算化工作，监督县（市）办事处工作，并负责《住房公积金管理条例》在各地的执行情况检查。

在市本级，中心设有17个县（市）办事处，如赣县、大余等，它们主要职责是执行国家和省的公积金管理政策，负责当地公积金的管理业务，包括缴存、提取和使用，并协助完成市公积金管理中心分配的其他任务。