酸木瓜树的整形修剪是一项关键的管理技术。其基本树形通常呈现出单干自然式，形状可为近圆头形或纺锤形。在移植幼树阶段，应在离地面60至80厘米处确定主干，同时及时修剪掉下部多余的枝条，以保持中心干的直立生长。在定干后的1-5年内，对于中心干的延长枝，每年应保留40-50厘米的部分，然后挑选2-4个分布错落的枝条作为主枝，以此构建树冠结构。

当基本树形初步形成后，进行适度的疏枝和短截是维持树形的关键。这种方法有助于控制树冠的上下分布，使其内部通风，外部饱满，形成理想的树形。然而，过度修剪可能会对产量产生负面影响，并可能损害树的美观姿态。因此，在早春时节，应清除枯弱、直立、交叉和平行的枝条；而在花后，需要短截过长枝，同时疏除无用、过密、枯死和弱小的枝条，以保持树的健康和生产力。