牡丹江市的住房公积金管理机构设有多个部门，以确保高效和专业的服务。中心内部主要包括以下几个关键部门：

首先是办公室，负责日常行政管理和协调工作，确保中心运营的顺利进行。接着是政工科，专注于人力资源管理和员工发展，维护良好的工作环境和团队建设。

审计稽核科负责对公积金的收支进行审计和监督，确保资金的合理使用和财务的透明度。计划财务科则承担着预算编制和财务管理的重任，保障公积金的健康运营。

归集管理科专门负责公积金的缴存和提取工作，确保职工权益的落实。贷款管理科则负责公积金贷款的审批和发放，为市民购房提供金融支持。

行政执法大队和执法监督科负责公积金政策的执行和监督，维护公积金市场的秩序。信息科技科则利用现代技术，提升服务效率，提供便捷的信息化服务。

此外，牡丹江市住房公积金管理中心还设有住房公积金服务大厅，这是直接服务于市民的重要窗口，提供面对面的咨询和办理服务。

在分支机构方面，绥芬河分中心作为中心的延伸，协同管理当地公积金事务。而海林、东宁、宁安、林口、穆棱五个办事处则分布在市内的各个区域，方便市民在就近地点办理相关业务。