用于农业土地开发的土地出让金使用管理办法旨在加强土地出让金管理，确保资金用于农业土地开发。根据《国务院关于将部分土地出让金用于农业土地开发有关问题的通知》（国发[2004]8号），本办法详细规定了资金来源、分配、使用以及监管流程。

农业土地开发资金来源于各省、自治区、直辖市及计划单列市、市（地、州、盟）、县（市、旗）从土地出让金中按规定比例划出的专账管理的资金。开发比例根据地方实际情况确定，不得低于土地出让平均纯收益的15%，其中不超过30%的资金集中到省级管理。

土地出让平均纯收益标准由财政部和国土资源部根据全国城镇土地等别、城镇土地级别、基准地价水平、建设用地供求状况、社会经济发展水平等情况制定并适时调整。资金纳入财政预算，实行专项管理，专账核算，确保足额划缴和使用，严禁截留、坐支和挪用，并实施社会公示制度。

调整政府预算收支科目，取消“基金预算收入科目”中与土地出让金相关的项目，增设用于农业土地开发的资金项，反映从土地出让金中划出的农业土地开发资金。同时，在“基金预算支出科目”下增设“农业土地开发支出”款，反映用于农业土地开发的资金安排。

市（地、州、盟）、县（市、旗）国土资源管理部门每季度统计土地出让面积并报送财政部门，财政部门根据土地出让面积、城镇土地等别、土地出让平均纯收益标准和农业土地开发比例计算应划缴的农业土地开发资金，并按照专账管理的原则进行缴库。

农业土地开发资金主要用于土地整理和复垦、宜农未利用地的开发、基本农田建设以及改善农业生产条件的土地开发。土地整理和复垦涉及农村地区田、水、路、林及村庄的综合整治和受损土地的复垦。宜农未利用地开发在保护生态环境的前提下进行，包括滩涂、盐碱地、荒草地等未利用土地的开发利用。基本农田建设则通过改造、改良和保护提高农田综合生产能力。改善农业生产条件的土地开发包括农田道路、电力通讯、水源、给排水等生产设施的建设。

财政部门负责预算审批、资金拨付和监督管理，而国土资源部门负责项目编报、汇总、实施监督检查及竣工验收。地方政府需确保土地出让金专户资金优先足额划入农业土地开发专账。各级政府和相关部门定期对资金使用情况进行监督，并对违反规定的机构和个人进行纠正和追责。

各省、自治区、直辖市及计划单列市可根据本办法制定具体资金使用管理办法。本办法自2004年1月1日起实施，由财政部和国土资源部负责解释。