商洛市环境保护局内部设有多个职能科室，以确保环保工作的高效运行。

办公室主要负责机关的行政管理工作，包括文电处理、会务组织、人事劳资、保密和信访等事务，同时也负责环保系统的干部管理、体制改革、环境保护规划编制以及财务、资产管理等工作。此外，办公室还承担着机关员工的医保和住房公积金等日常事务。

政策法制科负责部门的法制建设和依法行政，包括拟定环保法规、文件审核、行政复议、环境执法监督和宣传教育工作。他们还负责网站管理、生态文明建设和环境友好型社会的宣传推广，以及新闻审核发布和教育培训任务。

污染防治科具体执行国家水、气、土壤、噪声等污染防治政策，监督工业污染源和饮用水保护，参与环境管理制度的制定，指导环保模范城市建设和基础设施建设，并负责固体废物、危险废物等的管理与监督。

环境评价科主要负责各类环境影响评价工作，监督评价机构，实施建设项目环保制度，负责环境保护科技工作和标准规范的拟定，以及核事故和辐射环境应急管理工作。

生态保护科负责生态保护和农村环保规划，监督自然保护区，推动生物多样性和农村生态环境保护，指导生态示范和生态农业建设，监督自然资源开发活动和生态破坏恢复工作。

污染物减排总量控制科负责污染物排放总量控制的规划与实施，制定排放计划，实施排污许可证制度，并负责环境统计和污染源普查工作。

监察室则作为内部监督机构，负责纪检监察工作，检查法律法规执行情况，调查处理违规行为，负责机关党务工作和效能监察，同时参与精神文明建设。