南通电视台机构设置为：台长室领导下的部门负责制。设有：新闻中心(一套)、二套、技术中心、总编室(下设节目编排部、大型活动部、三套编辑部)、广告经营管理办公室、广告中心、财务部、人力资源部、后勤服务中心等九个中心(部室)。