深圳在职人员申请户口迁移程序主要包括以下步骤：

首先，在线申报阶段，申请人需要在深圳人才引进系统上填录个人详细情况。接着，准备所需资料，包括有效身份证件、户口簿及学历证明等材料。其次，向特定受理单位提交上述材料。紧接着进入审核阶段，相关部门会严谨核查申请人的资格与材料真伪。审核顺利通过便可取得指标卡号。最后，按照规定办理户籍迁移手续，如办妥准迁证、迁移证等以完成最终落户登记。请注意，由于政策时常有变动，实际操作流程与具体要求可能会因此产生相应变更。故建议你随时查看深圳市人力资源和社会保障局网站，以获取的权威信息。