在国有建设用地使用权协议出让的过程中，首先需要公开出让信息并接受用地申请，随后确定供地方式。市、县国土资源管理部门会联合规划等部门，基于国有建设用地使用权出让计划、城市规划及用地者的申请，来编制协议出让方案。方案中包括土地的位置、四至、用途、面积、年限、土地使用条件、供地时间及方式等详细信息。

紧接着，需要进行地价评估，确定出让底价。市、县国土资源管理部门需将协议出让方案和底价上报给有权限的人民政府进行审批。之后，双方会进行协商谈判，确定出让价格。谈判代表至少需要两人参与，并确保价格不低于底价。双方达成一致后，签订《国有建设用地使用权出让意向书》。

随后，意向出让地块的信息会在指定地点及中国土地市场网上公示。公示内容包括位置、用途、面积、出让年限、土地使用条件、意向用地者及拟出让价格等，公示期不少于五天。如公示期内无异议或异议经审查无违反法律法规行为，市、县国土资源管理部门将与意向用地者签订《国有建设用地使用权出让合同》。

合同签订后七日内，出让结果会在指定场所及中国土地市场网公开，接受社会监督。市、县国土资源管理部门将向受让人核发《建设用地批准书》，并依据合同和批准书约定的时间和条件，将土地交付给受让人。受让人在付清全部国有建设用地使用权出让金后，可依法申请土地登记，领取《国有建设用地使用证》，正式获得土地使用权。

协议出让过程中的所有资料和文件都需要整理并归档。这些文件包括出让信息公布、用地申请、审批、谈判、公示、签订合同等环节的相关资料。