单位和个人分别在不超过职工本人上一年度月平均工资12%的幅度内，其实际缴存的住房公积金，允许在个人应纳税所得额中扣除。单位和职工个人缴存住房公积金的月平均工资不得超过职工工作地所在地区城市上一年度职工月平均工资的3倍，具体标准按照各地有关规定执行。

补充公积金的制度是住房公积金制度的一种补充，都是一种长期住房储金，用于职工的住房消费，属于职工们个人。住房公积金缴存比例作为单位、个人各7%，其缴存额有上下限的相关限制，而补充住房公积金的单位和个人的缴存比例，分别在不大于各自8%不小于各1%的范围内，由单位自行确定，其缴存额没有上下限的限制。

就补充公积金是否能允许在个人的应纳税所得额中扣除的问题，当补充公积金在5%以内的情况下是允许在个人的应纳税所得额中扣除的，而当补充公积金的比例超出了5%，单位和个人缴付的住房公积金中，超过的部分将并入工资、薪金收入，计征个人所得税。

补充公积金、补充医疗保险、分房、培训都不是国家强制的要求单位给予的福利待遇。公司给予员工的这些待遇，是公司自己可以进行决定的。为了留住人才，给予这些的待遇，公司可以设置一些条件，只要不违反法律强制规定。不过，如果要求员工在离职时退回已给的待遇，公司应当与员工有明确的约定，或者内部有合法有效的规章制度才行。

补缴公积金需要提供以下证明资料：

1、本单位职工代表大会或全工大会通过的决议原件；

2、经会计师事务所审计的上年度财务报告原件及复印件；

3、申请月份上月的资产负债表、损益表原件；

4、情况特殊的，应当根据要求提供其他相关资料。

综上所述是小编对补充公积金扣除比例个税做出的相关回答，希望可以帮助到您。

【法律依据】：《住房公积金管理条例》第三条职工个人缴存的住房公积金和职工所在单位为职工缴存的住房公积金，属于职工个人所有。第四条住房公积金的管理实行住房公积金管理委员会决策、住房公积金管理中心运作、银行专户存储、财政监督的原则。第五条住房公积金应当用于职工购买、建造、翻建、大修自住住房，任何单位和个人不得挪作他用。