指代不同、定义不同。

1、指代不同：SATA是未来PC机硬盘的趋势，已基本取代了传统的PATA硬盘；MSATA是迷你版本SATA接口，外型和电子界面与miniPCIE完全相同，但电子信号不同，两者互不兼容。

2、定义不同：SATA口的硬盘又叫串口硬盘，均可使用；MSATA有SSD也有HDD的，多数是超极本使用。