地理位置不同，服务的铁路线路不同。

1、根据查询百度地图得知，南阳站位于南阳市区的北部，是郑州至武汉铁路、宜昌至漯河铁路、南阳至豫西铁路的交汇处，是一个重要的铁路枢纽站。南阳东站位于南阳市区东部，是京广高速铁路和南阳至平顶山铁路的交汇处，是南阳市的另一个重要铁路客运站。

2、南阳站设有多个站台和候车室，可以停靠多个列车。南阳东站主要服务于京广高速铁路和南阳至平顶山铁路。