一、笔画不同

1、本原：“原”字总笔画为10。

2、本源：“源”字总笔画为13。

二、部首不同

1、本原：“原”字部首为“厂”。

2、本源：“源”字部首为“氵”。

三、词意不同

1、本原：指根源，根由；根本，事物的最重要部分；推究，推本溯源；哲学上指万物的最初根源。

2、本源：指源头；借指事物的根源，起源；根本，指事物的最重要方面。

参考资料来源：百度百科-本原

参考资料来源：百度百科-本源 （汉语词汇）