车间庭院门口尺寸的最佳选择是宽3米至3.5米，高度根据实际需要设定。

具体解释如下：

一、门口宽度设计的重要性

车间庭院门口的宽度设计直接关系到物品的运输效率和人员的通行便利。一般来说，宽度设置在3米至3.5米之间是一个较为理想的选择。这样的设计既能确保小型车辆和设备的顺利进出，也允许多位工人同时通行，提升了整体的流通效率。

二、考虑运输需求

在确定门口尺寸时，必须要考虑到车间内的实际生产需求和运输物品的大小。例如，如果车间需要频繁地进出大型设备或材料，那么门口宽度和高度都需要相应增加，以确保大型物品能够顺畅通过。

三、高度设计的灵活性

与宽度设计相比，门口的高度设计更具灵活性。高度的设定主要依据实际需要通行的物品高度，同时也要考虑到安全性与美观性。过高的门口可能会增加安全隐患，而过低则可能影响大型物品的通行。因此，高度的设计应结合实际，在满足安全的前提下尽量满足通行需求。

四、结合实际环境与布局

除了上述考虑因素外，门口的设计还需要结合车间的整体环境和布局。例如，如果车间周围有其他建筑物或设施，门口的设计就需要与之协调，确保整体美观。同时，还要考虑车间的整体安全布局，确保门口位置符合安全疏散要求。

综合考虑以上因素，车间庭院门口尺寸的最佳选择是宽3米至3.5米，高度则根据实际需求和安全要求灵活设计。这样的设计既能确保车间的运输效率，也能满足安全与人行通行的需求。