蛇口码头和盐田港各有优势。东部港区位于南海大鹏湾西北部，以盐田港为主要组成部分，另于更东位置有数个燃油码头、两个天然气码头（广东大鹏液化天然气接收站、中海石油深圳液化天然气接收站）及6个锚地（但南澳对出的一个只供使用）。盐田港是一个深水无沙良港，是华南地区超大型船舶首选港，2020年出现过同一港区同时靠泊五艘全球最大的20万吨级集装箱船，这在华南地区乃至全国尚属首例，全球罕见，全球超20000标准箱以上的超大型集装箱船几乎都挂靠过盐田港。蛇口集装箱码头（SCT）为深圳第一家专业化集装箱码头，也是中国大陆最早的中外合资码头，是华南地区重要的粮食、建材集散中心和内贸集装箱中转口岸。蛇口集装箱码头驳船服务网络已覆盖珠三角95%以上区域，并以其组合式服务和先进的信息化高附加值在驳船运输市场中保持竞争优势。蛇口集装箱码头的海铁联运服务已延伸至长沙、株洲、醴陵、衡阳、昆明、南昌及韶关等内陆区域，搭建起了一条贯穿东部和中部的运输通道。