上海厂房交易涉及以下税种：契税、增值税、印花税和所得税。

详细解释如下：

1. 契税

厂房交易属于土地使用权和不动产的转让，需要缴纳契税。契税的税率根据厂房的价值而定，通常为交易价格的固定比例。

2. 增值税

厂房交易属于销售不动产，卖家需要支付增值税。增值税的税率根据厂房的新旧程度以及交易性质有所不同，新厂房的增值税率相对较高。

3. 印花税

在厂房交易的合同签署环节，需要缴纳印花税。印花税的税率通常基于合同金额的一定比例。

4. 所得税

对于厂房交易的盈利部分，卖家可能需要缴纳所得税。所得税的计算基于卖家的盈利金额，按照相应的税率进行计算。

在进行上海厂房交易时，需要注意这些税种的缴纳规定和税率可能会随着政策的变化而调整。建议在交易前咨询专业的税务人员，确保交易的合法性和顺利进行。同时，交易双方还需要关注其他可能的费用，如中介费、评估费等，以确保整个交易过程的透明和合理。