农村自建三层别墅大概需要花费数十万至数百万不等的费用。具体费用会受到诸多因素的影响，以下为您详细解释。

一、建筑成本

农村自建三层别墅的建筑成本主要包括建材费用、人工费用以及施工监理费用等。其中，建材费用占据较大比重，包括水泥、砖块、钢筋等。人工费用则取决于当地的劳动力成本以及工程的复杂程度。此外，设计和监理费用也是不可忽视的一部分。

二、土地成本

自建别墅需要有自己的土地，土地的成本因地区差异较大。土地的价格取决于土地的位置、面积以及当地的土地市场情况。

三、装修费用

三层别墅的装修费用也是一笔不小的开支。装修的档次、风格、材料选择等都会直接影响到最终的装修费用。简单的装修与豪华装修之间的费用差距很大。

四、其他费用

除此之外，还有一些其他费用，如设计费、审批费、水电接入费等，这些费用虽然单独看来可能不多，但累加起来也会增加总体成本。

综上所述，农村自建三层别墅的总成本会受到建筑成本、土地成本、装修费用以及其他费用的共同影响。具体的费用需要根据当地的市场情况、个人需求以及选择的服务商进行详细的计算和评估。在进行自建别墅的预算时，建议充分考虑各项费用，确保预算的合理性和可行性。