楼顶加盖需经过合法审批流程方可合法进行。

具体来说，楼顶加盖建筑是否合法，主要取决于是否遵循了相关的法律法规和审批程序。首先，根据《中华人民共和国城乡规划法》的规定，任何在城市、镇规划区内进行建筑物、构筑物等工程建设的单位或个人，都必须向城市、县人民政府城乡规划主管部门或省级政府确定的镇人民政府申请办理建设工程规划许可证。这意味着，想要在楼顶加盖，必须先向相关部门提交申请，并提供必要的材料，如土地使用证明、建设工程设计方案等，以供审批。

其次，楼顶加盖还需考虑其是否侵犯了其他业主的权益。根据我国《民法典》的相关规定，楼顶属于公共区域，是全体业主共同共有的财产。因此，在楼顶加盖前，必须征得其他业主的同意或符合业主大会的决定，以确保不侵犯其他业主的合法权益。

此外，楼顶加盖还需符合建筑安全、消防等方面的要求。在获得规划许可后，建设单位或个人还需按照相关规定进行设计和施工，确保加盖的建筑结构安全、消防设施齐全有效，以保障使用安全和公共安全。

最后，楼顶加盖的合法性还需经过相关部门的验收确认。在加盖工程完成后，建设单位或个人需向城乡规划主管部门提交验收申请，并提供相关证明材料。经过验收合格后，方可正式投入使用。

综上所述，楼顶加盖需经过合法审批流程、征得其他业主同意、符合建筑安全消防要求并通过相关部门验收确认后方可合法进行。任何未经审批擅自加盖的行为都将面临法律责任和处罚。