农村自建房与农村宅基地自建房的主要区别体现在土地来源、建设方式、权属关系和使用限制等方面。

首先，农村自建房的土地来源多样，可以是农民自己的承包地或租赁他人的土地，而农村宅基地自建房的土地则来源于农村集体经济组织的分配，其所有权归集体所有，农户只享有使用权。这种土地权属的明确性，使得农村宅基地自建房在土地管理和使用上更加规范。

其次，在建设方式上，农村自建房具有较大的自主性和灵活性。农民可以根据自己的经济条件和居住需求，自行设计、自主施工，建设标准和要求相对较低。而农村宅基地自建房则需要遵守严格的法律法规和乡村规划要求，包括房屋的高度、面积、结构、外观等方面都有明确的规定，这使得其在质量和安全上更有保障。

再者，从权属关系上看，农村自建房归拥有土地的单位或个人所有，体现了个人或单位对土地的使用权和房屋的所有权。而宅基地自建房的农户只享有房屋的使用权，没有所有权，且这种使用权是依法对集体所有的土地享有的占有和使用的权利。

最后，在使用限制上，农村自建房的使用方式和限制相对较少，主要用于满足个人或单位的居住需求。而宅基地自建房则专用于建造农户或个人的住宅，包括住房及其附属设施，且其使用权在一定条件下可以得到批准和保障，但不得随意转让或出租，特别是不能转让给非本集体成员。

总的来说，农村自建房与农村宅基地自建房在土地来源、建设方式、权属关系和使用限制等方面存在显著差异。这些差异使得两者在各自适用的场景下具有不同的优势和限制。