一、性质不同

1、付款申请单：指申请付款给供货单位的书面单据形式。

2、请款单：请款单是请予付款的申请单据。

二、作用不同

1、付款申请单：为了明细的表明付款的各项内容（如日期、部门、申请项目、申请金额、用途、审批人、经办人、部门经理、财务负责人、总经理）进行内部审批，然后财务照上面的单来付款。

2、请款单：是财务支付款项的原始凭证。

三、内容不同

1、付款申请单：如日期、部门、申请项目、申请金额、用途、审批人、经办人、部门经理、财务负责人、总经理。

2、请款单：有标题，请款事由，日期等。

参考资料来源：

百度百科-付款申请单

百度百科-请款单