在一项工程中，直径25毫米的HRB400E钢筋进行直螺纹机械连接时，螺纹区有效长度测量为28毫米，而连接套筒长度为63毫米。两根钢筋无法在套筒中部顶紧，违反了《钢筋机械连接技术规程》（JGJ107-2016）的第6.3.1.1条。该规程要求在安装接头时，应使用管钳扳手拧紧，确保钢筋丝头在套筒中央位置相互顶紧。同时，根据规程第6.2.1.3条，钢筋丝头长度应满足设计要求，极限偏差为0~2.0p。

另一问题在于钢筋接头端头的不平整，无法确保有效连接长度，这与JGJ107-2016中的第6.2.1.1条相抵触。规程规定，钢筋端部应通过专用钢筋切断机切平，以确保端面的平整性。

此外，丝扣螺纹加工区存在严重锈蚀，部分锈蚀层已经剥落，接头侧面也存在严重缺损，这违反了《钢筋机械连接技术规程》（JGJ107-2016）的第5.2.4条。该规程要求钢筋应平直、无损伤，表面不得有裂纹、油污或颗粒状或片状老锈。

问题的根源在于操作人员的技术水平较低，技术人员在技术交底过程中未能考虑到工程位于沿海海洋大气的特殊环境因素。由于加工时应力的影响，钢筋加工区在短时间内就可能产生严重锈蚀。

为解决这些问题，首先应切除不合格的螺纹部分，对锈蚀严重的钢筋进行除锈处理。然后，应按照规范要求的长度重新加工丝头。为了保护丝头不被碰撞，应给其加装防护套。在沿海大气环境中，如果加工完成未立即安装或隐蔽，还应采取防锈措施以保护端头。