为确保知识产权海关保护备案的顺利进行，权利人需要遵循以下步骤进行备案申请:

注册系统用户：为了提高效率，一般情况下，权利人应通过"知识产权海关保护备案申请系统"提交备案。首先，权利人需以自身名义注册，填写用户信息，获取账号和密码。

录入申请数据：登录系统后，权利人需在新备案申请窗口内详细填写知识产权和其他相关信息。

缴纳备案费：每项备案需支付800元，可通过银行转账或电汇方式汇入海关总署账户，并在备注栏注明权利授权号或申请编号。

提交纸质申请：打印已录入的信息，加上申请人或代理人的印章，连同备案费缴款凭据复印件和其他必要文件，通过邮寄方式寄至以下地址：海关总署政策法规司知识产权保护处，北京市建国门内大街6号，邮编100730。

补正申请：海关在收到纸质申请后开始审核，权利人可随时通过系统跟踪申请进度。如被驳回，可根据海关意见进行补正。

获取通知：根据《知识产权海关保护条例》，海关总署应在收到完整申请文件后的30个工作日内作出核准或驳回决定，并以书面形式通知申请人。若被驳回，申请材料将不退还。