建筑工程设计综合甲级资质和建筑甲级设计院是两个不同的概念，前者指的是一种设计资质，后者指的是一种设计机构。

详细解释如下：

建筑工程设计综合甲级资质是指在设计行业中，企业具备承担各类建筑工程设计业务的能力与资质。这是一种较高层次的设计资质，代表了企业在建筑设计领域的综合实力。获得这一资质的企业，可以承接各类建筑工程的设计任务，包括住宅、商业、文化、教育、医疗等多个领域。

而建筑甲级设计院则是指具有较高水平建筑设计能力的设计机构。甲级设计院的水平评价是基于其人员结构、技术水平、管理水平、项目经验等多方面因素进行综合评估的。获得甲级评价的设计院，通常具备承担各类大型、复杂建筑工程设计项目的能力。

虽然两者都是建筑设计领域的重要概念，但它们侧重点不同。建筑工程设计综合甲级资质更多关注的是企业的设计能力与资质，而建筑甲级设计院则更侧重于设计机构的综合实力与水平。因此，企业在选择合作对象时，需要根据自身的需求和项目特点进行选择。

总的来说，建筑工程设计综合甲级资质和建筑甲级设计院都是建筑设计领域的高水平代表，但它们在定义和关注点上有细微差别。企业在选择合作对象时，应结合自身的实际情况和项目需求进行评估和选择。