您要问的是南京地铁s3号线在上面跑还是在下面跑？在下面跑。南京地铁S3号线是一条在地下运行的地铁线路，没有在地面或高架上运行。S3号线全长约42.6公里，共设车站27个，沿途有六合区、江宁区、浦口区和玄武区等多个城区。