该博物馆面对的挑战主要体现在建筑布局和景物配置两个方面，具体如下：

1、苏州博物馆采用传统南方园林的设计手法，使得整体建筑环境舒适宜人，但建筑顶端矗立着正方体的构筑，使室内采光受到影响。

2、该馆植物配置缺乏，整体空间环境缺乏灵动，植物不仅沟通人与自然，也沟通室内与室外，是联系生命的脉络，缺乏植被会使博物馆缺乏生机活力。