水熊虫的天敌是多种多样的，包括缓步动物、线虫、蜘蛛、螨类和弹尾目等昆虫。

水熊虫生命力顽强，但在与微小生物相遇时，往往处于被欺负的地位。对于一些物理性机械损伤（如被捏死或咬死），水熊虫却无能为力。科学家通过对复活后的水熊虫进行DNA检测发现，在其身上有近17.5%的DNA来自不同生物。