苍南绿能小镇总部在浙江省温州市。根据查询相关公开信息显示，苍南绿能小镇为苍南绿能小镇建设工程有限责任公司，成立于2018年09月17日，地址位于浙江省温州市苍南县灵溪镇春晖路433-505号公投大楼1107室，经营范围包括特色小镇基础设施建设，土地开发，项目投资开发，建筑工程、土木工程、园林绿化工程、旅游项目开发与建设、房屋租赁服务，建筑工程施工咨询和服务。