小作坊食品生产许可证需要在食品药物监督管理局办理。

小作坊食品生产许可证办理流程：首先要注册公司，办理个体工商户营业执照，准备必要的设备和仪器。然后向质监局提交申请，受理申请后，质监局会派人到现场评审，对食品进行抽样检测，经评审合格样品检测，质监局派发食品生产许可证。