我个人觉得是在赣州先建地铁，原因如下:

首先两座城市都属于二线城市，是江西省除了南昌以外第二大类城市，两地的综合实力都差不多一个位于赣北，一个位于赣南，个人觉得赣州有可能会先建地铁，原因：赣州是全省面积最大，人口最多，经济总量仅次于南昌的第二大城市，人均称是少得可怜，拥有18个县市，近年来南康又被赣州划为一个市辖区，赣州城区周围是一个大盆地平原面积大，发展空间很大。京九线赣龙线在此交汇！又有多条高速公路，现在还正在修建得更深高铁，预计几年后竣工。近年来房价也是节节攀升。

而九江方面地理位置靠近长江，周围湖泊多，靠近长三角经济带虽然发展潜力也很大，但又靠近南昌，如果九江先修地铁，那么就在赣北鄱阳湖地带有两个城市拥有地铁，赣南地区远没有赣北地区富裕，这就会造成江西省的发展不平衡，就像广东一样贫富差距极大。江西省政府不可能会这样盲目的在九江先建地铁。

无论哪个城市先建设轨道交通，赣州会批地铁，九江先批轻轨或有轨或云轨。首先九江的地势比赣州平坦适合建设高架，赣州多山区适合做地铁。如果九江先上报轻轨会比赣州上报地铁容易，并且比赣州建设周期短。赣州居住较散，客流不大，可能只会批4条九江可以批2条轻轨，2条地铁，1条云轨，1条市域线与南昌地铁接驳，九江地铁的发展前景会比赣州好。

九江市的朋友说早些年公告规划建设两条轻轨，这里说的是轻轨，而不是地铁，但不巧的是刚公布没多久就又得到了国家要求轨道交通项目重新审核的文件，本地也没听说或看到有轻轨动工的迹象，不排除暂时搁置明年再动工的可能。所以九江目前来说没可能上地铁项目。