决定化粪池的深度需要综合考虑多个因素。由于池内厌氧发酵过程中，粪皮和粪渣的厚度不断增加，池的有效容积逐渐减小，因此池的深度不宜过浅。从安全角度考虑，粪池的深度应不超过1.6米，粪液面深度不应超过1.3米。为了确保无害化卫生处理的效果，对二池的容积有特定要求，因此池的深度不宜过浅，否则占地面积会增大，给土地利用带来困难。综合考虑，二池的粪液面深度应保持在1.0米以上，池内净高至少为1.2米，预留0.2米的空间用于粪皮的浮升。

在设计化粪池时，必须确保整个化粪池的顶面标高高于室外地面标高，以防止地面雨水淹没化粪池，导致雨水从盖板漏入池内。通常建议顶面标高高出室外地面50-100毫米。同时，三格式化粪池出口标高的设计也很关键，为了保持粪池内粪液流动所需的静压，化粪池出水口管底标高应低于进口管底标高50-100毫米，但又要高于所接污水管道顶面标高或浅土渗滤管管顶标高。

此外，三格式化粪池的基础设计也需要特别注意。化粪池基础应与相邻原建筑物基础保持一定净距，数值通常取不小于相邻基础底面的高差，以避免基础间的相互影响。

这些设计原则不仅考虑了化粪池的功能需求，还充分考虑了安全和环境因素，确保化粪池能够有效运行，同时不会对周围环境造成不良影响。