农村自建房屋的土地证若不慎丢失，可参照以下步骤进行补办。

首先，申请人需按照规定填写一份详细的土地证遗失申请书，并提交至所在村委或者乡级政府的土地资源管理部门进行申报备案；接下来，根据档案中的相关土地图纸资料进行复印，同时向档案馆提出权属查询申请，获取相应的证明材料；随后，在当地具有影响力的报纸上发布遗失声明，以示公示；

最后，携带上述所有材料前往不动产登记机构进行补证申请，待审核通过后即可领取新的土地证。