位置，孔径。

1、上层胶是浓缩蛋白，使所有蛋白质都处于同一位置。下层胶为的是将不同大小的蛋白分开，从而获得目的蛋白。

2、上层胶为大孔径的浓缩胶，能够很好胶缺口沾上，而下层胶为小孔径的分离胶，起到辅助作用。