房产证与不动产权证书之间的主要区别如下：

1. 名称与功能：房产证全称为《房屋所有权证》，主要用于证明房屋所有权；而不动产权证书名为《不动产权证书》，包含二维码，方便市民查询，并具备防伪功能，同时增强了信息透明度。

2. 监制机关：房产证的监制单位是中国住房和城乡建设部（原建设部），而不动产权证书则由中华人民共和国国土资源部负责监制，反映了政府机构的调整和职能变迁。

3. 编号结构：房产证包含建房注册号和房屋所有权证号，不动产权证书则有证书编号和不动产权编号，结构上有所区别。

房产证和不动产权证书在性质和功能上有所不同，不动产权证书的出现是对原有房产证体系的补充和完善。在实际交易中，不动产权证书由于其信息丰富和官方认可度高，成为确认房屋权属的重要依据，而房产证的作用相对有限，它只是权利归属的一种初步证明，真正的权属确认仍需依赖于不动产登记簿的记载。在房屋买卖或抵押等交易中，房产证的交付并不自动转移所有权，需配合登记簿的变更登记，以实现法律效力的转移。