中国水电第三工程局国内下辖五个区域分局。根据查询相关资料公开信息显示，中国水电第三工程局国内下辖分局分别为位于四川成都的四川分局、位于云南昆明的云南分局、位于兰州的西北分局、位于西安的陕西分局、位于长沙的中南分局、位于杭州的华东分局。